Se encarga de la pastoral de "movilidad". Se ocupa pues, del estudio y de la aplicación de la pastoral para "la gente en movimiento", población que carece de domicilio fijo permanente y también a las personas que viven en condiciones análogas. Son aquellos grupos de personas que por su propia condición de vida no pueden gozar del ministerio ordinario de los párrocos o se ven privados de cualquier otra asistencia.
El Secretariado de la Comisión Episcopal de Migraciones se divide en seis departamentos: pastoral de la carretera, pastoral de ferias y circos, pastoral gitana, pastoral del mar, pastoral de la emigración y pastoral de la inmigración (con la sección de refugio). En el secretariado de esta Comisión Episcopal coordinan estos departamentos, respectivamente José Aumente (Carretera; Ferias y Circos), Antonio Heredia (Pastoral Gitana), Agustín Romero (Mar) y José Luis Pinilla s.j. que además de la Dirección del Secretariado coordina los Departamentos de Inmigración y Emigración, en donde cuenta con un Director Adjunto, D. Ennio Cavazzini y una Secretaria técnica, Dª Estrella Merchán.